Dans ces années de conquête et de repeuplement du territoire, le baillage de Xivert voit le jour avec l’octroi de la charte de peuplement à la population musulmane de Xivert en 1234, mais aussi aux nouveaux villages chrétiens qui se forment dans la plaine d ’Alcalá (1251), à Alcossebre (1261) et dans les hameaux abandonnés d ’Almedíxer et Castellnou (1261). Parmi ces nouveaux établissements, Alcalá jouera vite un rôle prédominant dans la commanderie. Après la dissolution de l’ordre du Temple, le nouvel ordre de Montesa assume le contrôle de la zone au XIVe siècle.
À l’époque moderne, une succession d ’attaques ont ravagé le territoire d’Alcalà, se faisant ressentir durement sur l’ensemble de la population, aussi bien chrétienne que musulmane. Ainsi, le village mudéjar de Xivert a été mis à sac puis livré aux flammes pendant la rébellion des Germanies de Valence par le capitaine Estellés en 1521, et reconstruit par la suite. En 1547, la population d’Alcalà parvient à repousser, dans les rues mêmes de la localité, l’assaut d’une horde de pirates barbaresques soutenus par l’Empire ottoman et disposés à tout piller sur leur passage. De nos jours, une inscription en pierre commémore cet événement sur le lieu des faits. La tour de vigie de Capicorb a elle aussi fait l’objet d’une attaque de pirates en 1586.